Sinds 2001 investeert de Vlaamse overheid in het natuurinrichtingsproject Zwarte Beek, voor behoud en herstel van het unieke beekvalleisysteem. De vallei van de Zwarte Beek valt grotendeels onder Natura-2000-bescherming dankzij de unieke fauna en flora en de metersdikke veenlagen die in het gebied voorkomen. Het veen speelt door het CO-2- bergend vermogen een belangrijke rol als klimaatbuffer, maar had te lijden onder verdroging, waarbij de CO-2 in de atmosfeer vrijkomt. Momenteel ligt er ongeveer een miljoen KG CO-2 opgeslagen in het veenpakket, vergelijkbaar met de uitstoot van met de jaarlijkse uitstoot van 500.000 wagens.

In 2020 gaf Vlaams minister van Natuur Zuhal Demir een nieuwe financiële impuls van 4,2 miljoen euro voor de nieuwe ontwikkelingsfase “projectuitvoeringsplan Vallei”, in samenwerking met de VLM en ANB. Ecologie en hydrologie zijn hierbij een onlosmakelijk verbonden verhaal. Naast de onafgebroken focus op herstel en ontwikkeling van de planten- en diergemeenschappen in gebied, zijn de maatregelen gericht op behoud van de sponswerking van het natte veenlandschap. Acties omvatten onder meer het optrekken van het waterpeil in de beek, het verhogen van de beekbodem en het dempen van aanwezige zijgrachten.

Ook recreatie maakt deel uit van het natuurinrichtingsproject. De Vlaamse Overheid zet in op de beleefbaarheid van de Zwarte Beek als een van de mooiste en grootste natuurreservaten van Vlaanderen door de aanleg van een recreatieve structuur en het opruimen van allerhande, in onbruik geraakte constructies.